پس از نجات پارک لیبرتی، سنجابها و دیگر حیوانات شهر زندگی نسبتاً آرامی پیدا کردهاند، اما شهردار تصمیم میگیرد پارک را تخریب و به یک مجموعه تفریحی پولساز تبدیل کند. سارلی که حالا به ذخیره فراوان آجیل عادت کرده، ابتدا اهمیت از دست رفتن فضای طبیعی را جدی نمیگیرد، اما با آغاز ساختوساز متوجه میشود خانه همه حیوانات در خطر است. او همراه اندی، بادی و دوستانشان تلاش میکند ماشینآلات و پروژه شهردار را متوقف کند. در این مسیر گروه با موشهای شهری و رهبر کوچک اما سرسختشان آشنا میشود و برای مقابله با انسانها به همکاری گستردهتری نیاز پیدا میکند. «عملیات آجیلی ۲: آجیلی به سبک طبیعت» یک انیمیشن کمدی درباره دفاع از خانه و اهمیت کار گروهی است. سارلی باید از عادت حل کردن مشکلات به تنهایی فاصله بگیرد و بپذیرد بقا فقط به پیدا کردن غذا وابسته نیست؛ حفظ محیطی که جامعه حیوانات در آن زندگی میکند به همان اندازه ضروری است.
