سونیک و دوستانش در دو ماجرای به‌هم‌پیوسته با دکتر رباتنیک و دشمنان تازه روبه‌رو می‌شوند. ناکلز و شخصیت مرموزی به نام متال سونیک در مسیر داستان نقش دارند و سونیک باید با سرعت همیشگی خود جلوی نقشه‌هایی را بگیرد که سیاره را تهدید می‌کنند. این اثر انیمه‌ای که از بازی‌های «Sonic the Hedgehog» الهام گرفته، اکشن سریع، رقابت شخصیت‌ها و فضای علمی‌تخیلی جهان بازی را در قالب یک فیلم ویدیویی ارائه می‌دهد. هسته «Sonic the Hedgehog: The Movie» روی علت و نتیجه تصمیم‌هاست؛ «سونیک خارپشت 1996» اجازه می‌دهد مخاطب جهان و بحران را بشناسد بی‌آنکه بخش پایانی از پیش برملا شود. در «سونیک خارپشت 1996»، وزن اصلی روی پیامد انتخاب‌ها باقی می‌ماند و «Sonic the Hedgehog: The Movie» رابطه‌ها قهرمان‌های قصه را هم‌زمان با مسئله محوری پیش می‌برد. مسیر «سونیک خارپشت 1996» بدون لو دادن نتیجه پیش می‌رود و «Sonic the Hedgehog: The Movie» نقطه‌های عطف را از دل واکنش قهرمان‌های قصه به مهم‌ترین مانع می‌سازد.