انیمه «کوتارو تنها زندگی می‌کند» درباره پسر چهارساله‌ای به نام کوتارو ساتو است که برخلاف انتظار، بدون والدین در یک مجتمع آپارتمانی ساکن می‌شود. همسایه کناری او، شین کارینو، مانگاکایی کم‌انگیزه و نسبتاً گوشه‌گیر است که ابتدا حضور یک کودک مستقل را جدی نمی‌گیرد. کوتارو با زبان رسمی، رفتار منظم و توانایی غیرعادی‌اش در اداره زندگی روزمره، خیلی زود توجه شین و دیگر ساکنان ساختمان را جلب می‌کند. پشت این استقلال بامزه، تجربه‌هایی سخت و تنهایی عمیقی پنهان است که سریال آن‌ها را به‌تدریج و بدون تبدیل کردن شخصیت به وسیله‌ای صرفاً احساسی آشکار می‌کند. همسایه‌ها، از میزبان کلوپ شبانه تا مردی که ظاهر خشنی دارد، کم‌کم شبکه‌ای حمایتی پیرامون او می‌سازند. هر اپیزود می‌تواند با یک کار ساده مانند خرید، حمام عمومی یا رفتن به مهدکودک آغاز شود و به بخشی از گذشته کوتارو برسد. مجموعه میان طنز آرام و لحظات تلخ حرکت می‌کند و مفهوم خانواده را فراتر از نسبت خونی بررسی می‌کند.
