آینده دور، 5012. تهاجم ناگهانی هوایی به زمین توسط "بیگانگان" و ساخته های آنها "شکل های حیات ماشینی" بشر را به مرز انقراض کشاند. تعداد بازمانده‌ای از انسان‌هایی که برای سازماندهی یک ضدحمله با استفاده از سربازان اندرویدی برای بازپس گیری زمین به ماه پناه بردند. با این حال، جنگ به بن‌بست می‌رسد، زیرا «شکل‌های حیات ماشینی» به بی‌نهایت تکثیر ادامه می‌دهند. به نوبه خود، بشریت واحد جدیدی از سربازان اندرویدی را به عنوان سلاح نهایی به کار می گیرد: ＜YoRHa＞ ＜2B＞ که به تازگی به زمین اعزام شده است به ＜9S＞ می پیوندد، تحلیلگری که در حال حاضر در آنجا مستقر است، جایی که در میان ماموریت خود، آنها با تعداد بی شماری از پدیده های مرموز روبرو می شوند... این داستان این اندرویدهای بی‌جان و مبارزه بی‌پایان آن‌ها به خاطر بشریت است.