ژاپن پس از غرق شدن چندین کشتی در نزدیکی جزیره اودو دچار وحشت می شود. یک سفر به جزیره به رهبری دکتر کیوهی یامانه به زودی چیزی بسیار ویرانگرتر از تصور را در قالب یک هیولای 50 متری که بومیان او را گوجیرا می نامند کشف می کنند. اکنون هیولا شروع به حمله ای می کند که نه تنها ژاپن، بلکه بقیه جهان را نیز تهدید می کند.