سال‌ها پس از بسته شدن پرونده‌های ایکس، فاکس مالدر و دانا اسکالی دیگر برای اف‌بی‌آی کار نمی‌کنند. در «The X-Files: I Want to Believe» یک پرونده تازه دوباره آن‌ها را کنار هم قرار می‌دهد: مأمور زنی ناپدید شده و کشیشی که سابقه‌ای تاریک دارد ادعا می‌کند از طریق رؤیاها و احساسات روانی می‌تواند پلیس را به سرنخ‌های مربوط به او هدایت کند. اف‌بی‌آی برای استفاده از تجربه مالدر در پرونده‌های غیرعادی از اسکالی می‌خواهد او را به همکاری قانع کند. مالدر بار دیگر جذب احتمال یک توضیح فراطبیعی می‌شود، در حالی که اسکالی میان تردید، ایمان و مسئولیت‌های پزشکی خود گرفتار است. فیلم بیش از آنکه به موجودات فضایی و توطئه‌های بزرگ مجموعه تلویزیونی متکی باشد، یک معمای جنایی زمستانی و تاریک را دنبال می‌کند و رابطه قدیمی این دو شخصیت را در مرکز قرار می‌دهد؛ رابطه‌ای که تفاوت نگاهشان به باور، مدرک و امید همچنان آن را شکل می‌دهد.