مامور ۴۷ یک آدمکش نخبه است که از طریق مهندسی ژنتیک برای سرعت، قدرت، هوش و واکنشهای فراتر از انسان عادی ساخته شده و هویتش را بیشتر با شماره بارکد پشت گردنش میشناسد. مأموریت تازه او به کاتیا ون دیس گره میخورد؛ زنی جوان که سالها در جستوجوی پدر گمشدهاش، دکتر لیتونکو، بوده است. لیتونکو دانشمندی است که پروژه ساخت «ایجنتها» را آغاز کرد و اکنون سازمان قدرتمندی به نام سندیکا میخواهد او را پیدا کند تا دوباره برنامه را فعال کند و ارتشی از قاتلان پیشرفته بسازد. کاتیا ابتدا نمیداند چرا هم ۴۷ و هم مردی مرموز به نام جان اسمیت دنبال او هستند و بهتدریج متوجه میشود گذشته خانوادهاش با همان پروژه ارتباط مستقیم دارد. «Hitman: Agent 47» تعقیبوگریز را با معمای هویت ترکیب میکند؛ ۴۷ باید مانع رسیدن سندیکا به دانش لیتونکو شود و همزمان کاتیا با تواناییهایی در خودش روبهرو میشود که توضیحی معمولی ندارند. محور داستان این است که آیا انسانهای طراحیشده برای کشتن فقط محصول آزمایشگاهاند یا میتوانند درباره هدف و وفاداری خودشان تصمیم بگیرند.
