کورو کوموگاکوره یکی از نینجاهایی است که در ژاپن معاصر مخفیانه زندگی می‌کنند. برخلاف تصویر باشکوه افسانه‌ای، او بیکار، کم‌درآمد و نسبتاً بی‌انگیزه است و بیشتر وقتش را در آپارتمان ساده‌اش می‌گذراند. سازمان نینجاها هنوز فعال است و ناگهان مأموریتی به کورو داده می‌شود که او را به مدرسه و محیطی عادی می‌فرستد تا درباره فعالیت گروهی ناشناس تحقیق کند. او باید هویت واقعی‌اش را پنهان نگه دارد و با دانش‌آموزان و افرادی روبه‌رو شود که هیچ تصوری از جنگ مخفی نینجاها ندارند. رقیبان از فناوری مدرن، سلاح و روش‌هایی استفاده می‌کنند که با سنت‌های قدیمی ترکیب شده‌اند. کورو که در آغاز مأموریت را فقط راهی برای درآمد می‌بیند، کم‌کم متوجه می‌شود ماجرا بخشی از درگیری بزرگ‌تر میان سازمان‌های نینجا است. مجموعه اکشن و کمدی با ایده «نینجای زیرزمینی» نشان می‌دهد سنتی مخفی چگونه می‌تواند در جامعه مدرن ادامه پیدا کند و قهرمانی را دنبال می‌کند که پیش از نجات کسی باید اول از بی‌تفاوتی خودش خارج شود.