جسی پس از نجات نهنگ قاتل جوانی به نام ویلی، دوباره او را در طبیعت می‌بیند؛ اما آلودگی ناشی از سانحه نفتی زندگی ویلی و خانواده‌اش را تهدید می‌کند. جسی و دوستانش تلاش می‌کنند نهنگ‌ها را از منطقه خطر دور کنند. روایت در لحظات آرام‌تر، روی واکنش‌های کوچک مکث می‌کند تا بدون توضیح مستقیم روشن شود که گذشته هنوز روی اکنون اثر دارد. در میان همه این رخدادها، گذشته شخصیت‌ها دوباره مطرح می‌شود و نتیجه آن به موتور بخشی از روایت تبدیل می‌شود. در طول این مسیر، هدف اولیه معنای تازه‌ای پیدا می‌کند تا تصمیم‌گیری تنها راه پیش رفتن باشد هدف مهم‌تر را دوباره مشخص کنند. شرایط بیرونی داستان، دامنه انتخاب‌ها را محدود می‌کند و این وضعیت مسیر رسیدن به پاسخ را دشوار می‌سازد. بدون ورود به جزئیات پایانی، تمرکز روی تغییر شخصیت‌ها می‌ماند؛ در نتیجه «Free Willy 2: The Adventure Home» هویت خود را از همان موقعیت مرکزی می‌گیرد.