کی و جی دوباره متحد می‌شوند تا بهترین، آخرین و تنها خط دفاعی خود را در برابر یک اغواگر شوم ارائه کنند که سخت‌ترین چالش را برای بیانیه ماموریت خدشه‌نشده MIB - محافظت از زمین در برابر تفاله‌های کیهان - انجام می‌دهد. چهار سال از زمانی که ماموران جویای بیگانه از یک فاجعه بین کهکشانی با ابعاد حماسی جلوگیری کردند می گذرد. اکنون مسابقه ای با زمان است زیرا جی باید کی را متقاعد کند - که نه تنها هیچ خاطره ای از زمان گذراندن با MIB ندارد، بلکه تنها فرد زنده ای است که برای نجات کهکشان تخصص دارد - تا قبل از اینکه زمین در معرض نابودی نهایی قرار گیرد، دوباره با MIB متحد شود.