لاکپشتهای نینجا با یک عصای باستانی بهطور تصادفی در زمان جابهجا میشوند و به ژاپن فئودالی میرسند. در آنجا چهار سامورایی از گذشته به زمان حال منتقل شدهاند و تعادل زمانی به هم خورده است. لئوناردو، رافائل، دوناتلو و مایکلآنجلو باید راه بازگشت را پیدا کنند و همزمان در نبرد روستاییان با یک حاکم جنگطلب و بازرگانان مسلح دخالت میکنند. ماجرا اکشن رزمی را با طنز همیشگی گروه و فضای تاریخی ترکیب میکند. فضای «لاکپشتهای نینجای جهشیافته نوجوان 3» از فضای تاریخی و هزینه انسانی درگیری شکل میگیرد؛ در «Teenage Mutant Ninja Turtles III» هر عوض شدن موقعیت، انگیزهها و جهت انتخابهای مهمی بعدی را روشنتر میکند. هسته «Teenage Mutant Ninja Turtles III» روی علت و نتیجه انتخابهای مهمست؛ «لاکپشتهای نینجای جهشیافته نوجوان 3» اجازه میدهد مخاطب جهان و گره داستانی را بشناسد بیآنکه فرجام از پیش آشکار شود. مسیر روایی «لاکپشتهای نینجای جهشیافته نوجوان 3» اطلاعات را مرحلهای آشکار میکند و «Teenage Mutant Ninja Turtles III» تا فرجام، نتیجه گره داستانی را بهجای توضیح زودهنگام باز نگه میدارد.
