چیساتو و ماهیرو دو قاتل جوان حرفه‌ای هستند که بیرون از مأموریت‌ها باید مثل آدم‌های معمولی با اجاره خانه، قبض‌ها و مسئولیت‌های روزانه کنار بیایند. پس از دردسرهای کاری و تعلیق موقت، مشکلات مالی آن‌ها بیشتر می‌شود. در سوی دیگر، دو قاتل جوان به نام ماکوتو و یوری از وضعیت خود ناراضی‌اند و می‌خواهند با شکست دادن چیساتو و ماهیرو جایگاه بالاتری در سازمان به دست آورند. این رقابت به مجموعه‌ای از تعقیب‌ها و درگیری‌های سریع تبدیل می‌شود، در حالی که قهرمانان هنوز درگیر مسائل بسیار عادی زندگی مشترکشان هستند. «بیبی اساسینز ۲» تضاد میان حرفه‌ای‌گری مرگبار و روزمرگی بی‌قاعده دو دختر را ادامه می‌دهد و طنزش را از همین برخورد می‌گیرد. فیلم به جای تبدیل شخصیت‌ها به ماشین‌های مبارزه، دوستی آن‌ها و تلاش برای حفظ زندگی معمولی را در کنار صحنه‌های رزمی دقیق نگه می‌دارد و رقیبان تازه را نیز با انگیزه‌هایی انسانی و قابل‌فهم وارد داستان می‌کند.
