کاپیتان جو گلس فرمانده یک زیردریایی تهاجمی آمریکایی می‌شود و مأموریتش بررسی ناپدیدشدن یک زیردریایی ایالات متحده در آب‌های نزدیک روسیه است. تحقیق دریایی خیلی زود نشان می‌دهد حادثه بخشی از بحرانی بزرگ‌تر است: در داخل ساختار نظامی روسیه کودتایی در حال شکل‌گیری است و رئیس‌جمهور این کشور عملاً به گروگان گرفته شده. هم‌زمان یک تیم نیروهای ویژه آمریکایی در خشکی برای جمع‌آوری اطلاعات و رسیدن به رهبر روسیه فعالیت می‌کند. گلس باید در زیر آب میان مین‌ها، نیروهای دشمن و خطر آغاز یک درگیری مستقیم میان دو قدرت هسته‌ای حرکت کند، در حالی که تصمیم‌هایش فقط سرنوشت خدمه خودش را تعیین نمی‌کند. «Hunter Killer» اکشن نظامی و زیردریایی است که دو خط عملیات پنهانی را به هم می‌رساند: مأموریت زیردریایی و عملیات نیروهای ویژه. تعلیق فیلم از این ایده می‌آید که جلوگیری از جنگ ممکن است نیازمند همکاری با کسانی باشد که در شرایط عادی دشمن محسوب می‌شوند.
