سایمون پسربچه‌ای مبتلا به اوتیسم است که به شکل اتفاقی یک معمای چاپ‌شده در مجله را حل می‌کند؛ معمایی که در واقع نسخه آزمایشی یک رمز فوق‌محرمانه سازمان امنیت ملی آمریکا به نام «مرکوری» است. وقتی مسئولان پروژه متوجه می‌شوند کودکی توانسته کدی را که شکست‌ناپذیر تصور می‌کردند بخواند، تصمیم می‌گیرند این نقص امنیتی را پنهان کنند. مأمور اف‌بی‌آی آرت جفریز پس از کشته شدن والدین سایمون به پرونده مشکوک می‌شود و حفاظت از کودک را بر عهده می‌گیرد. «Mercury Rising» رابطه میان مأموری منزوی و کودکی را دنبال می‌کند که ارتباطش با جهان متفاوت است اما استعدادش او را به هدفی خطرناک تبدیل کرده. جفریز باید هم از نیروهایی که می‌خواهند سایمون ساکت شود فرار کند و هم راهی پیدا کند تا اعتماد او را به دست آورد. فیلم ساختار تعقیب‌وگریز دارد، اما هسته عاطفی آن بر شکل گرفتن ارتباط میان این دو و مسئولیت جفریز برای دفاع از کودکی بی‌دفاع استوار است.