«داستان‌های ارواح» درباره پروفسور فیلیپ گودمن است؛ روان‌شناسی شکاک که حرفه‌اش را صرف افشای مدعیان ماوراءالطبیعه و توضیح منطقی پدیده‌های ظاهراً فراطبیعی کرده است. زمانی که قهرمان قدیمی او، پژوهشگری که سال‌ها ناپدید بوده، سه پرونده حل‌نشده را در اختیارش می‌گذارد، گودمن تصمیم می‌گیرد ثابت کند پشت هرکدام توضیحی عادی وجود دارد. پرونده‌ها شامل نگهبان شبِ ساختمانی متروک، نوجوانی گرفتار در جاده و مردی ثروتمند در خانه‌ای بزرگ‌اند که هر یک تجربه‌ای هولناک را گزارش می‌کنند. گودمن با مصاحبه و بازسازی ماجراها جلو می‌رود، اما هرچه بیشتر تحقیق می‌کند شباهت‌ها و جزئیاتی ظاهر می‌شوند که به زندگی خودش نزدیک‌ترند. فیلم ساختاری آنتولوژی دارد، ولی سه داستان مستقل در نهایت با خط اصلی پروفسور پیوند می‌خورند. ترس آن بیش از نمایش مداوم هیولاها از انتظار، فضاهای بسته و تردید درباره ادراک می‌آید. موضوع مرکزی نیز برخورد یقین عقلانی با تجربه‌ای است که حاضر نیست مطابق قواعد ساده توضیح داده شود.