پس از اتفاقات قسمت اول، سازمان کبرا هنوز از بین نرفته و یکی از عواملش با تغییر چهره جای رئیس‌جمهور آمریکا را گرفته است. تیم جی.آی. جو ابتدا برای مأموریتی نظامی اعزام می‌شود، اما ناگهان با حمله‌ای سازمان‌یافته روبه‌رو می‌گردد که بیشتر اعضا را از بین می‌برد و بازماندگان را به‌عنوان خائن معرفی می‌کند. رودبلاک، لیدی جی و فلینت باید مخفیانه زنده بمانند و بفهمند چه کسی دولت را کنترل می‌کند. هم‌زمان اسنیک آیز و جینکس درگیر پرونده استورم شدو و گذشته خاندان آراشیکاگه‌اند؛ خطی که به نفوذ کبرا پیوند می‌خورد. نقشه دشمن در نهایت از تسلط سیاسی فراتر می‌رود و به سامانه‌ای مربوط می‌شود که می‌تواند بدون سلاح هسته‌ای شهرها را نابود کند. «G.I. Joe: Retaliation» تیم بازمانده را از ساختار رسمی خود محروم می‌کند و آن‌ها مجبور می‌شوند با کمک ژنرال جوزف کلتون دوباره سازماندهی شوند. هدف اصلی اثبات خیانت کبرا، آزاد کردن رئیس‌جمهور واقعی و جلوگیری از تبدیل یک نشست بین‌المللی به ابزار باج‌گیری جهانی است.
