در «بازگشت از کوهستان اسرارآمیز»، خواهر و برادر نوجوانی به نام تیا و تونی که توانایی‌های ذهنی خارق‌العاده دارند، برای مدتی از یکدیگر جدا می‌شوند. تونی در لس‌آنجلس با دکتر گانون، دانشمندی جاه‌طلب، و زنی ثروتمند به نام لتا ویج روبه‌رو می‌شود. آن دو پس از پی بردن به قدرت‌های او، با روش‌های علمی و روانی تلاش می‌کنند ذهنش را کنترل کنند و از توانایی‌هایش برای اهداف خود استفاده کنند. تیا که متوجه ناپدید شدن برادرش شده، همراه گروهی از بچه‌های خیابانی به دنبال او می‌گردد و باید پیش از آنکه کنترل تونی کامل شود راهی برای رسیدن به او پیدا کند. فیلم فانتزی خانوادگی را با تعقیب‌وگریز و درگیری میان قدرت‌های ذهنی ترکیب می‌کند. محور داستان همچنان پیوند خواهر و برادر و خطر سوءاستفاده بزرگسالان از استعدادهایی است که خودشان به درستی درکشان نمی‌کنند. قدرت‌های کودکان در این قسمت بیش از شگفتی، به دلیل توجه افراد فرصت‌طلب به منبعی از خطر تبدیل می‌شود.