با گذشت 400 سال از آینده، بیماری اکثریت جمعیت جهان را از بین برده است، به جز یک شهر محصور به نام Bregna که توسط کنگره ای از دانشمندان اداره می شود. هنگامی که Æon Flux، عامل اصلی شورش زیرزمینی "Monican"، به ماموریتی برای کشتن یک رهبر دولتی فرستاده می شود، او دنیایی از اسرار را کشف می کند.