داستان فیلم درباره آسونا، دختر جوانی است که روزهای تنهایی خود را با گوش دادن به موسیقی مرموز منتشر شده از رادیو کریستالی که از پدر مرحومش به عنوان یادگاری دریافت کرده بود، می گذراند. یک روز در حالی که به خانه می رفت، مورد حمله یک هیولای ترسناک قرار می گیرد و توسط پسری مرموز به نام شان نجات می یابد. با این حال، شون ناپدید می شود و آسونا با معلمش آقای موریساکی سفری ماجراجویی به سرزمین آگارتا را آغاز می کند تا دوباره با یک شون ملاقات کند. او در طول سفر خود به ظلم و زیبایی جهان و همچنین از دست دادن پی می برد.