داستان در سال 1937 و در آستانه جنگ جهانی دوم اتفاق می افتد، این داستان شامل یک سازمان آموزش جاسوسی مرموز به نام "آژانس D" است. این سازمان توسط سرهنگ دوم یوکی از ارتش امپراتوری ژاپن تأسیس شده است. ایدهآلهای او او را به سمت استخدام افرادی فراتر از فارغالتحصیلان و پرسنل آکادمی نظامی سوق میدهد، در حالی که آنها را برای تبدیل شدن به عوامل ماهر در هنرهای دستکاری آموزش میدهد. این عوامل تبدیل به یک تیم تخصصی برای انجام عملیات خواهند شد. یکی از این ماموران ضدقهرمان، به نام جیرو گامو، به یک ماموریت وحشتناک می رود تا اسناد محرمانه ای به نام «یادداشت های سیاه» را کشف کند، در حالی که با نیروهای خود از درون و بدون صفوف خود می جنگد.
