پس از شکست نخستین گودزیلا، انسان‌ها برای بازپس‌گیری زمین دوباره به سیاره بازمی‌گردند و متوجه می‌شوند بیست هزار سال گذشته و گودزیلا اکنون به موجودی عظیم‌تر و قدرتمندتر به نام «گودزیلا ارث» تبدیل شده است. هاروئو ساکاکی همچنان وسواس دارد راهی برای نابودی او پیدا کند و همراه نیروهای انسانی و بیلوسالودو به بقایای فناوری قدیمی «مکاگودزیلا» می‌رسد. نانومتال خودتکثیرشونده طی هزاران سال شهری مکانیکی ساخته که می‌تواند به سلاحی عظیم علیه گودزیلا تبدیل شود. بیلوسالودو حاضرند برای پیروزی بدن و هویت خود را نیز با این فناوری ادغام کنند، اما هاروئو درباره بهایی که چنین تصمیمی دارد تردید می‌کند. «Godzilla: City on the Edge of Battle» بخش دوم سه‌گانه انیمه‌ای است و نبرد را از مسئله قدرت نظامی به انتخابی اخلاقی می‌رساند. انسان‌ها برای بازگشت به زمین باید چیزی را شکست دهند که تقریباً شکست‌ناپذیر است، اما اگر برای این کار خودشان را کاملاً به ماشین تبدیل کنند، سؤال باقی می‌ماند که دقیقاً چه چیزی را نجات داده‌اند.