انفجاری در یک مرکز بزرگ توکیو باعث می‌شود پلیس و سازمان‌های امنیتی وارد رقابتی برای پیدا کردن عاملان شوند. تورو آمورو، مأمور امنیت عمومی که هویت‌های مختلفی دارد، در مرکز تحقیقات قرار می‌گیرد و شواهد به شکلی عجیب کوگورو موری را به عنوان مظنون معرفی می‌کنند. کونان ادوگاوا باور ندارد موری عامل حادثه باشد و شروع به بررسی مستقل پرونده می‌کند. او متوجه می‌شود داده‌های دیجیتال، سامانه‌های متصل به اینترنت و یک مأموریت فضایی به شکلی با انفجار ارتباط دارند. آمورو همه اطلاعات را با کونان در میان نمی‌گذارد و همین مسئله اعتماد میانشان را دشوار می‌کند. هر دو می‌خواهند از مردم محافظت کنند اما روش و وفاداری‌های سازمانی متفاوتی دارند. نزدیک شدن زمان رویدادی ملی، احتمال حمله دوم را جدی‌تر می‌کند و کونان باید از میان شواهد فنی و انگیزه‌های شخصی مسیر واقعی نقشه را پیدا کند. پرونده نشان می‌دهد در جهانی که دستگاه‌های شهری به شبکه متصل‌اند، یک مجرم می‌تواند بدون حضور فیزیکی مستقیم خسارتی بسیار بزرگ ایجاد کند و تشخیص هویت واقعی پشت داده‌ها مهم‌تر از اولین مظنونی است که سیستم معرفی می‌کند.