در این نسخه کودکانه و طنزآمیز از جهان لاک‌پشت‌های نینجا، چهار برادر جهش‌یافته هنوز در حال یادگیری هستند که چگونه توانایی‌هایشان را کنترل کنند و مانند یک تیم عمل کنند. لئوناردو، رافائل، دوناتلو و مایکل‌آنجلو هرکدام شخصیت و علاقه متفاوتی دارند و همین تفاوت باعث می‌شود مأموریت‌های ساده نیز خیلی زود به آشوب تبدیل شود. آموزش‌های رزمی، پنهان ماندن از مردم و مقابله با دشمنان عجیب بخشی از زندگی روزمره آن‌هاست، اما روایت با لحن سبک‌تر و مناسب مخاطب خردسال ارائه می‌شود. برادرها ممکن است درباره رهبری، غذا یا اینکه چه کسی نقشه بهتری دارد بحث کنند، ولی هنگام خطر باید اختلاف را کنار بگذارند. استاد و دوستانشان آن‌ها را هدایت می‌کنند، اما اغلب خودشان باید راه‌حل پیدا کنند. مجموعه بیشتر بر رفاقت خانوادگی و شیطنت تمرکز دارد تا خشونت جدی. هر ماجرا نشان می‌دهد قهرمان بودن فقط داشتن مهارت نینجا نیست؛ گوش دادن به دیگران، پذیرفتن اشتباه و استفاده از توانایی متفاوت هر عضو تیم به همان اندازه اهمیت دارد.
