چهار لاک پشت در فاضلاب می افتند و توسط هاماتو یوشی یک مرد ژاپنی که به نیویورک فرستاده شده بود و مجبور به زندگی در فاضلاب شده بود دوست می شوند. یک روز او درخشش سبز عجیبی را می بیند که چهار لاک پشت را به موجوداتی شبیه انسان تبدیل می کند. هاماتو (در حال حاضر Master Splinter) از درخشش سبز به یک موش غول پیکر تبدیل می‌شود و به لاک‌پشت‌ها مهارت‌های نینجا را می‌آموزد، زیرا آنها با خبرنگار خبری آوریل اونیل متحد می‌شوند تا با دشمن کمانی یوشی، شردر و کرانگ، یک جنگ سالار بیگانه از بعد X مبارزه کنند.