هنگامی که چهار لاک پشت خانگی در تراوش بیگانه غوطه ور شدند، شروع به جهش کردند و به لاک پشت های نینجا جهش یافته نوجوان تبدیل شدند. استاد اسپلینتر، لئوناردو، میکل آنژ، دوناتلو و رافائل که توسط پدر پرورش دهنده و سنسی خردمندشان در فاضلاب های شهر نیویورک بزرگ شده اند، به جنگ علیه جنایت می پردازند. به رهبری استاد اسپلینتر، چهار لاک پشت هنر رزمی باستانی نینجیتسو را یاد می گیرند و بر مهارت های مخفی کاری، اسلحه و مبارزه مسلط می شوند. آنها بدخواهان را به هر شکلی متوقف می کنند، خواه باندهای وحشی، کلاهبرداران پست، سایبورگ های دیوانه، یا حتی سندیکای جنایی The Foot، به رهبری رقیب اصلی آنها، The Shredder.