ایتوکی ساکورابا دانش‌آموزی معمولی است که ناگهان متوجه می‌شود وارث نوزدهم خاندان نینجایی ایگا است. او سال‌ها از این بخش زندگی خانواده بی‌خبر بوده و حتی نمی‌دانسته مادرش و افراد اطرافش ارتباطی با دنیای نینجاها دارند. حمله خاندان رقیب کوگا باعث می‌شود ایتوکی از زندگی عادی جدا و به مدرسه تخصصی نینجا فرستاده شود. در آنجا باید فنون رزمی، جاسوسی و استفاده از ابزارهای مدرن را یاد بگیرد، در حالی که هنوز درباره نقش خودش در اختلاف دو خاندان سؤال دارد. کوشِتسو، دوست دوران کودکی و محافظ او، یکی از معدود افرادی است که از ابتدا حقیقت را می‌دانسته است. با افزایش تنش، روشن می‌شود همه اعضای ایگا یا کوگا دیدگاه یکسانی ندارند و بخشی از جنگ نتیجه رقابت قدرت درون خود خاندان‌هاست. ایتوکی باید از نوجوانی که فقط می‌خواهد زنده بماند به کسی تبدیل شود که درباره آینده ایگا تصمیم می‌گیرد و بفهمد وارث بودن به معنای تکرار دشمنی نسل‌های قبل نیست.