در پادشاهی رودنشیا، موش‌های آرام با تهدید ارتشی از موش‌های صحرایی روبه‌رو می‌شوند و پادشاه برای نجات سرزمین به افسانه یک بلور جادویی امید می‌بندد. سباستین و سامانتا، دو موش جوان، مأمور می‌شوند این بلور را پیدا کنند؛ مأموریتی که آن‌ها را از محیط امن خانه به جنگل‌ها و مکان‌های ناشناخته می‌برد. در مسیر با جادوگر، شوالیه‌ها و موجوداتی روبه‌رو می‌شوند که بعضی کمکشان می‌کنند و بعضی می‌خواهند قبل از آن‌ها به قدرت بلور برسند. سباستین در آغاز خودش را برای چنین مسئولیتی آماده نمی‌بیند، اما شرایط او را مجبور می‌کند شجاعت و توان تصمیم‌گیری‌اش را کشف کند. «قصه یک موش» انیمیشنی خانوادگی و فانتزی است که ساختار جست‌وجوی یک شیء جادویی را با داستان رشد قهرمانان کوچک ترکیب می‌کند. هدف آن‌ها فقط پیدا کردن بلور نیست؛ باید قبل از رسیدن ارتش دشمن بر ترس و اختلاف خود غلبه کنند و یاد بگیرند نجات یک پادشاهی به همکاری بیش از قدرت فردی نیاز دارد.
