چهار لاکپشت نینجای نوجوان پس از سالها پنهان شدن زیر نیویورک تصور میکنند بالاخره به سطحی رسیدهاند که میتوانند هر دشمنی را شکست دهند. لئوناردو بیش از بقیه به اعتمادبهنفسش تکیه دارد و مسئولیت رهبری را همیشه جدی نمیگیرد. ورود کیسی جونز از آینده همه چیز را تغییر میدهد؛ او هشدار میدهد نژادی بیگانه به نام کرَنگ قرار است زمین را نابود کند و تنها فرصت جلوگیری از آن همین زمان است. لاکپشتها، اپریل و اسپلیتر تلاش میکنند کلیدی را که راه ورود کرنگ را باز میکند پیدا کنند، اما اشتباههای لئو باعث میشود تهدید سریعتر از انتظار وارد شهر شود. قدرت دشمنان بسیار بیشتر از چیزی است که گروه قبلاً با آن روبهرو شده و روشهای معمول مبارزه جواب نمیدهد. برادرها باید اختلاف را کنار بگذارند و لئوناردو بفهمد رهبری یعنی مسئولیت نتیجه تصمیمهایش را بپذیرد، نه اینکه فقط شجاعترین نفر باشد. آینده کیسی نشان میدهد شکست چه بهایی دارد و همین تصویر، گروه را وادار میکند برای جلوگیری از همان سرنوشت هرچه دارد به کار بگیرد.