پس از نجات شهر مترو نویی، توآ مترو به خانه بازمیگردند تا ماتورانهای باقیمانده را پیدا کنند، اما شهر اکنون زیر سلطه ارتش حشرهمانند ویسوراک قرار گرفته است. در «Bionicle 3: Web of Shadows»، قهرمانان گرفتار سم این موجودات میشوند و بدنشان به شکل هیولاوار Hordika تغییر میکند؛ تغییری که علاوه بر قدرت تازه، کنترل احساسات و هویتشان را نیز تهدید میکند. واکاما بیش از دیگران با خشم و وسوسه قدرت درگیر میشود و همین مسئله انسجام گروه را به خطر میاندازد. توآ برای نجات ماتورانها و پیدا کردن راه بازگشت به شکل اصلی خود باید با رهبران ویسوراک، سیدوراک و روداکا، مقابله کنند و از گروهی مرموز به نام Rahaga کمک بگیرند. فیلم سوم سهگانه Bionicle فضای تاریکتری دارد و نبرد بیرونی را با بحران اعتماد میان اعضای تیم پیوند میزند. محور ماجرا این است که قهرمانان پیش از شکست دادن دشمن باید اجازه ندهند تغییر ظاهری و قدرت تازه، چیزی را که آنها را به یک گروه تبدیل کرده از بین ببرد.
