در ادامه‌ی ماجراجویی‌هایی باب اسفنجی شلوار مکعبی، این بار باب اسفنجی و پاتریک به یک مأموریت برای نجات گری، که توسط پوسایدون دزدیده شده است، به شهر متروکه و گمشده آتلانتیس سفر می‌کنند. این فیلم برای اولین بار منشأ دیدار باب اسفنجی با گری و آشنایی باب اسفنجی با پاتریک و اختاپوس را فاش می‌کند!