پس از اینکه فلینت لاکوود دستگاه غذاسازش را از کار انداخت، ساکنان شهر سویلو فالز مجبور می‌شوند منطقه را ترک کنند و شرکت Live Corp به رهبری چستر وی مسئول پاکسازی جزیره می‌شود. فلینت که سال‌ها چستر را الگوی علمی خودش می‌دانسته، برای کار به شرکت او می‌پیوندد. مدتی بعد مشخص می‌شود دستگاه هنوز فعال است و اکنون موجوداتی زنده ساخته که ترکیبی از غذا و حیوان‌اند؛ از تاکودیل و میگوی شامپانزه‌ای تا چیزبرگرهای عنکبوتی. چستر فلینت را مأمور می‌کند به جزیره برگردد و دستگاه را پیدا کند، در حالی که سم، تیم لاک‌وود و دوستان قدیمی نیز همراه می‌شوند. فلینت در ابتدا موجودات را تهدید می‌بیند، اما سم متوجه می‌شود بسیاری از آن‌ها رفتار طبیعی و خانوادگی دارند و الزاماً خطرناک نیستند. «Cloudy with a Chance of Meatballs 2» دنیای قسمت نخست را به اکوسیستمی رنگارنگ تبدیل می‌کند و قهرمان را مجبور می‌سازد میان اعتماد به قهرمان حرفه‌ای خودش و چیزی که با چشم خودش می‌بیند انتخاب کند. مسئله دیگر فقط کنترل اختراع نیست؛ باید فهمید با حیاتی که ناخواسته ساخته شده چه مسئولیتی دارند.