در آینده می توان با به دست آوردن بدنی مکانیزه به جاودانگی دست یافت. تتسورو جوان یتیم با قطار فضایی گلکسی اکسپرس 999 به این امید که جسد سایبورگ را برای انتقام مرگ مادرش به دست آورد، سوار می‌شود. در طول راه، او با ماتل، که تصویر تف مادر مرده اش است، ملاقات می کند.