مونیخ، آلمان، 1923. دو سال از زمانی که ادوارد الریک از دنیای خودش به دنیای ما کشیده شد و کشورش، دوستانش و برادر کوچکترش آلفونس را پشت سر گذاشت، می گذرد. او که قدرت کیمیاگری خود را از دست داده است، در تمام این مدت به همراه آلفونس هایدریش، مرد جوانی که شبیه برادر خود است، در مورد موشک تحقیق می کند، به امید اینکه روزی راهی برای بازگشت به خانه پیدا کند. تلاش‌های او تا کنون بی‌ثمر بوده است، اما پس از کمک کردن به یک دختر کولی مشکل‌دار، ادوارد در یک سری اتفاقاتی قرار می‌گیرد که می‌تواند در هر دو دنیا ویران کند. در همین حال، در دنیای خودش، آلفونس الریک در جستجوی راهی برای اتحاد دوباره با برادر بزرگترش، به اسرار کیمیاگری می پردازد.