در این انیمه، کارآگاه کونان به یک مأموریت دریایی می‌رود که در آن با دسیسه‌ها و چالش‌های جدیدی مواجه می‌شود. ماجرای پیچیده‌ای در انتظار اوست که نیازمند هوش و دقت بالای اوست تا رازهای دریایی را کشف کند.