ماجرای این انیمه حول محور کارآگاه کونان می‌چرخد که با هوش خارق‌العاده‌اش به حل معماهای پیچیده می‌پردازد. در این قسمت، او باید با چالش‌های جدیدی روبرو شود و رازهایی را در اعماق ماجراها کشف کند.