در آکادمی نینجوتسو، Doi به نینجاهای جوان معروف به "Nintama" آموزش می دهد. یک روز او برای نبرد با یک نینجا از قبیله رقیب بیرون می رود، اما بدون هیچ اثری ناپدید می شود. Nintamas برای ایمنی Doi نگران است. در همان زمان، آکادمی اخبار نگران کننده ای دریافت می کند که رقبای آنها در قلعه Dokutake ممکن است چیزی را طراحی کنند.