دانش‌آموزان کلاس 1-A دبیرستان U.A. برای یک برنامه آموزشی به جزیره نابو فرستاده می‌شوند؛ جایی آرام که قهرمانان حرفه‌ای حضور دائمی ندارند و نوجوانان باید به درخواست‌های روزمره مردم پاسخ دهند. در «My Hero Academia: Heroes Rising»، این تمرین وقتی جدی می‌شود که شروری قدرتمند به نام ناین و گروهش به جزیره حمله می‌کنند. ایزوکو میدوریا، کاتسوکی باکوگو و همکلاسی‌هایشان ناچارند بدون تکیه فوری بر قهرمانان بزرگ از ساکنان دفاع کنند. ناین توانایی‌های متعددی دارد و به دنبال قدرتی خاص است که یکی از کودکان جزیره با آن ارتباط دارد. فیلم به همه کلاس فرصت مشارکت می‌دهد و توانایی‌های متفاوت دانش‌آموزان در دفاع، نجات و نبرد کنار هم قرار می‌گیرند. رقابت همیشگی دکو و باکوگو نیز در شرایطی قرار می‌گیرد که همکاری واقعی ضروری است. داستان در امتداد دنیای «My Hero Academia» درباره تبدیل شدن از دانش‌آموز به قهرمان عمل‌گراست؛ زمانی که مسئولیت جان مردم پیش از رسیدن کمک بزرگ‌تر مستقیماً بر عهده خود آن‌ها قرار می‌گیرد.