پس از رویدادهای ویرانگر گذشته، شینجی ایکاری در روستایی کوچک همراه آسکا و ری پناه میگیرد و برای نخستین بار پس از مدتها زندگی عادی مردم را از نزدیک میبیند. کشاورزی، تولد کودکان و روابط ساده روستا به او فرصت میدهند از چرخه نبرد و احساس گناه فاصله بگیرد. در سوی دیگر، میساتو و سازمان ویله برای حمله نهایی به نرو آماده میشوند و گندو ایکاری قصد دارد پروژهای را کامل کند که میتواند واقعیت و انسانیت را بازنویسی کند. ری در روستا با تجربههایی روبهرو میشود که هیچگاه برایشان برنامهریزی نشده بود و آسکا نیز همچنان زخمهای خودش را پنهان میکند. شینجی به تدریج تصمیم میگیرد به جای فرار، بار دیگر با پدرش و گذشته روبهرو شود. نبرد نهایی فقط برخورد اواها نیست؛ رابطه پدر و پسر و پرسش درباره جهانی بدون درد در مرکز داستان قرار میگیرد. شینجی باید انتخاب کند آیا حذف رنج واقعاً به معنای نجات انسانهاست یا پذیرش فقدان و ارتباط، بخشی جداییناپذیر از زندگی است.
