چهارده سال پس از «برخورد دوم»، شینجی ایکاری هنوز از پیامدهای تصمیمهای گذشتهاش رها نشده است. او در فضا از خواب بیدار میشود و متوجه میشود تقریباً هیچکس حضورش را با خوشحالی نمیپذیرد. میساتو اکنون فرمانده سازمان ویله است و همراه آسکا و ماری علیه نرو و گندو ایکاری میجنگد. شینجی نمیداند در این چهارده سال چه اتفاقی افتاده و تنها کسی که با او رفتاری دوستانه دارد کائورو ناگیسا است. او به نرو میرود و دوباره درگیر طرح پدرش برای تکمیل پروژهای میشود که میتواند سرنوشت تمام انسانها را تغییر دهد. کائورو معتقد است با استفاده از دو نیزه میتوان آسیبی را که به جهان وارد شده اصلاح کرد و شینجی به امید جبران اشتباه خودش این پیشنهاد را میپذیرد. با این حال اطلاعاتی که در اختیار او قرار گرفته کامل نیست و هر حرکت اوا میتواند اثر جهانی داشته باشد. نوجوانی که میخواهد گذشته را «دوباره انجام دهد»، باید بفهمد همیشه امکان بازگرداندن دنیا به حالت قبل وجود ندارد.
