تحت حمله مداوم موجودات هیولایی به نام فرشتگان که به دنبال ریشه کن کردن نوع بشر هستند، آژانس ویژه سازمان ملل متحد NERV دو خلبان جدید EVA را برای کمک به دفاع از شهر توکیو-3 معرفی می کند: ماکینامی مرموز ماری ایلاستروس و آسوکا لانگلی شیکینامی شدید. در همین حال، Gendo Ikari و SEELE با یک پروژه مخفی که هم ری و هم شینجی را درگیر می کند، پیش می روند.