پس از ضربه دوم، توکیو-3 توسط هیولاهای غول پیکری به نام فرشتگان مورد حمله قرار می گیرد که به دنبال ریشه کن کردن نوع بشر هستند. هدف کودک شینجی این است که با خلبانی یکی از واحدهای مکانیکی اسرارآمیز Evangelion با فرشتگان مبارزه کند. بازسازی شش قسمت اول مجموعه انیمه معروف GAINAX در سال 1996. این فیلم برای انتشار دی وی دی خود "Evangelion: 1.01" و برای انتشار با صحنه های اضافی "Evangelion: 1.11" نام گرفت.