در آغاز قرن، فرشتگان به زمین بازگشتند و به دنبال نابودی بشریت در یک خشم آخرالزمانی بودند. آخرین بقایای بشر که ویران شده بودند به زیر زمین رفتند تا منتظر روزی باشند که فرشتگان برای پایان کار برگردند. پانزده سال بعد، آن روز فرا رسیده است... اما این بار، بشریت آماده است تا با سلاح‌های بیومکانیکی وحشتناکی که به نام اوانجلیون شناخته می‌شوند، مقابله کند. شاهد نبرد شینجی، ری، آسوکا و بقیه آژانس سایه مرموز Nerv برای نجات زمین از نابودی کامل باشید.