سریال «Alcatraz» با یک معمای تاریخی آغاز میشود. در سال ۱۹۶۳ زندان آلکاتراز بسته شد و زندانیان رسمی به مراکز دیگر منتقل شدند، اما در داستان سریال حقیقت چیز دیگری است: گروهی از زندانیان و نگهبانان به شکلی توضیحناپذیر ناپدید شدهاند. دههها بعد، بعضی از همان افراد بدون آنکه پیر شده باشند در سانفرانسیسکو ظاهر میشوند و دوباره دست به رفتارهایی میزنند که پلیس را درگیر میکند. کارآگاه ربکا مدسن با دکتر دیهگو سوتو، متخصص تاریخ آلکاتراز، و مأموری مرموز به نام امرسون هاوزر همکاری میکند تا این افراد را پیدا کند و بفهمد در شب ناپدید شدن چه اتفاقی افتاده است. هر قسمت معمولاً پرونده یکی از بازگشتگان را دنبال میکند، اما سؤال بزرگتر درباره زمان، آزمایشهای پنهانی و علت حضور دوباره آنها ادامه پیدا میکند. سریال عناصر پلیسی، معمای تاریخی و علمیتخیلی را ترکیب میکند و خود زندان به عنوان مکانی با گذشته ناشناخته، یکی از شخصیتهای اصلی روایت محسوب میشود.