گروهی از نوجوانان از گونه‌های مختلف در سفینه متروکه فدراسیون، یو‌اس‌اس پروتواستار، به یکدیگر می‌رسند. دال، گوین، راک‌تاک، جانکم پوگ، زیرو و مورف پیش از این هیچ تجربه‌ای از عضویت در استارفلیت ندارند و بعضی حتی مفهوم فدراسیون را نمی‌شناسند. آن‌ها با هولوگرام آموزشی کاپیتان کاترین جین‌وی آشنا می‌شوند و از طریق او اصول هدایت سفینه، همکاری و ارزش‌های استارفلیت را یاد می‌گیرند. فرار از زندان و تعقیب توسط دیواینر فقط آغاز ماجراست؛ پروتواستار رازهایی دارد که می‌تواند امنیت فدراسیون را تهدید کند. اعضای جوان گروه هرکدام گذشته و هدف متفاوتی دارند و اعتماد میانشان به‌تدریج ساخته می‌شود. مجموعه «Star Trek: Prodigy» جهان پیشتازان فضا را برای مخاطب جوان‌تر معرفی می‌کند، اما موضوع‌های اصلی مجموعه مانند انتخاب اخلاقی، تماس با فرهنگ‌های تازه و مسئولیت قدرت را حفظ می‌کند. شخصیت‌ها در ابتدا فقط می‌خواهند آزاد باشند، ولی سفر نشان می‌دهد داشتن یک سفینه پیشرفته به معنای مسئولیتی بزرگ‌تر از فرار شخصی است و آن‌ها باید تصمیم بگیرند چه نوع خدمه‌ای می‌خواهند باشند.