در این نسخه از ماجراهای اسکوبیدو، اسکوبی و اسکرپی همراه شگی و دافنه به شهرها و مکانهای مختلف سفر میکنند و با پروندههایی روبهرو میشوند که در ظاهر پای ارواح، هیولاها یا موجودات غیرعادی در میان است. فصل دوم با عنوان «The New Scooby-Doo Mysteries» برخی اعضای قدیمی گروه، از جمله فرد و ولما، را نیز در چند داستان برمیگرداند و ترکیب شخصیتها را گستردهتر میکند. ساختار بیشتر قسمتها شامل دو ماجرای کوتاه است و گروه پس از برخورد با نشانههای ترسناک، دنبال سرنخهایی میرود که هویت یا دلیل واقعی اتفاقات را روشن میکنند. اسکرپی برخلاف شگی و اسکوبی معمولاً مشتاق روبهرو شدن مستقیم با خطر است و همین تفاوت منبع ثابت شوخیهاست. سریال فضای کمدی-معمایی کلاسیک فرنچایز را حفظ میکند، اما نقش دافنه در تحقیقها پررنگتر شده و سفرهای گروه به مکانهای متنوع اجازه میدهد هر قسمت حالوهوای متفاوتی داشته باشد، بدون اینکه نیاز به دنبال کردن خط داستانی پیوستهای وجود داشته باشد.
