پس از حمله قبلی گودزیلا، یک مسابقه تسلیحاتی مینیاتوری برای جمع آوری سلول های او در جریان است. دولت ژاپن که نگران بازگشت احتمالی گودزیلا است، از سلول ها برای ایجاد یک سلاح زیستی جدید به نام ANEB (باکتری های ضد انرژی هسته ای) استفاده می کند. آنها به دنبال کمک ژنتیک شناس ژنشیرو شیراگامی هستند که آزمایشات او منجر به جهش جدیدی می شود.