زمانی که انهدام یک زیردریایی آمریکایی زنگ خطر را برای دریاسالار تاچیبانا به صدا درآورد، گودزیلا به خاطره ای دور برای ژاپن تبدیل شد. دختر جدا شده او، یوری، در مورد افسانه هیولاهای نگهبان تحقیق می کند، که باید برای محافظت از ژاپن در برابر ارواح انتقام جوی درون گودزیلا که به دنبال نابودی ملت و مردم آن به دلیل رنجی که در درگیری اقیانوس آرام متحمل شدند، قیام کند.