بلافاصله پس از حوادث قسمت اول آغاز می شود. ولورین مرد سر سخت، در پی یافتن گذشته خود است. پروفسور چارلز بزرگترین تله پاتیست جهان نیز مشغول اداره مدرسه ایکس است. او در این مدرسه به میوتانتهای جوان نحوه استفاده صلح آمیز از تواناییهای خارق العاده شان را آموزش می دهد (میتانتها موجودات جهش یافته با تواناییهای خارق العاده هستند). اما ماگنتو بر خلاف وی معتقد است که میوتانتها بخاطر توانایی و دانایی بیشتر بایستی بر انسانها و جهان حکومت کنند. در همین هنگام موضوع میوتانتها تبدیل به یک بحث سیاسی حساس در میان انسانها شده است. در این زمان حادثه سو قصد به جان رئیس جمهور پیش می آید که توسط یک میوتانت مرموز به اسم خزنده شب انجام می شود. رئیس جمهور جان سالم بدر می برد اما موج مبارزه با میوتانتها در سطح کشور براه می افتد. در این هنگام نیروهای نظامی به رهبری ژنرال استرایکر به مدرسه ایکس حمله کرده و میوتانتها را بازداشت و محاصره می کنند. این در حالیست که در واقع استرایکر همان کسی است که در پشت ماجرای ترور بوده و این نقشه را برای نابودی میوتانتها طرح کرده است