روزی روزگاری ناگهان دشمنی ناشناس به نام ناشناس ظاهر شد. «آژانس توسعه راه‌آهن فوق‌العاده تکاملی»، «شینکالیون» روباتی را که به قطار گلوله‌ای تبدیل می‌شود، به عنوان یک اقدام متقابل در برابر این تهدید توسعه داده بود. «من می‌خواهم آدم باحالی باشم که بتواند از چیزی محافظت کند...» تایسی اوناری، دانش‌آموز سال دوم دبیرستان، در جستجوی سرنخ‌هایی درباره خواهر بزرگ‌ترش که دو سال پیش ناپدید شد، به مدرسه راهنمایی شینکای گاکوئن منتقل می‌شود. در آن زمان، ناشناخته برای اولین بار در 10 سال ظاهر می شود. تائیسی به عنوان یک خلبان شینکالیون از استعداد بالایی برخوردار است و مجبور می شود تصمیمی برای مبارزه با آن بگیرد. ماهیت واقعی ناشناخته چیست و هدف آن چیست؟ حقیقتی که در پایان دعوا آشکار می شود چیست؟ داستان عزم و اراده پسران از هم اکنون آغاز می شود.